崇政殿的北面是高耸的凤凰楼。
凤凰楼建造在4米高的青砖台基上，高台之上就是皇宫的内廷部分──皇帝与后妃的居处之所。按照满洲人当年山居的习俗，部落酋长的住宅，都是建在寨子里最高的地方，便于了望，易守难攻。努尔哈赤自建州卫起兵开始，不论在建州老营、赫图阿拉、界藩山城、萨尔浒山城，又或是在辽阳的东京城，都是把生活区的宫室建在山地或山坡之上。即便是进了沈阳城，也是在城北建了一座高台上的罕王宫。新君皇太极也不例外，在建设宫殿一体的新皇宫时，依然使用了人工堆砌高台，然后在高台上建盖宫室，台周环以围墙和巡逻更道，俨然一座封闭的城堡。而大政殿和崇政殿这些用来处理国家政事的朝堂，反而建在平地上。这种“宫高殿低”的情形，与历来是“殿高宫低” 的关内宫殿正好相反。
凤凰楼本身高三层，三开间三进深，歇山琉璃瓦顶，屹立在高台之上。其下层的明间就是进出内廷寝宫的通道，只要关上大门，帝后的寝宫就成了一座居高临下的森严城堡，而凤凰楼的功能就像是一座居高而建的城门楼，是整个皇宫的制高点。
同时，凤凰楼也是盛京城的最高建筑。清代的“陪都十景”和“盛京八景”中，便把“凤楼晓日”和“凤楼观塔”列入其中。历代皇帝东巡来到盛京，都要登楼观景，赋诗咏怀，至今楼内还保留着乾隆皇帝的金字诗匾。
台上五宫
位于高台上的后宫建筑群，表现为典型的东北“四合院”形式。中轴线上的清宁宫为皇帝与皇后的居所；清宁宫前，东为关雎、衍庆二宫，西为麟趾、永福二宫，分别为皇太极的宸、淑、贵、庄四大妃所居住。其中的永福宫也是清世祖福临诞生和幼年居住的地方。五宫与凤凰楼围合成四合院，再加上清宁宫东西墙外靠北侧的两座配宫，构成了皇太极时期的后宫建筑。
这一组建筑形成于公元1627—1632年的后金时期，因而保留着许多早期满洲民居的建筑和装饰特色：五宫的建筑形式均为尖山式硬山顶，五开间前后出廊。所有的门窗不是内地宫殿常用的隔扇式，而是关外通行的板门和支摘窗，窗棂则一律采用直棂码三箭的形式。正对清宁宫门竖立祭天的索伦竿，也是源自满洲民间的传统风格。 
清宁宫除了做为皇太极和皇后的寝宫外，还兼作皇宫内家祭和家宴的场所，因此将门开在东次间，形成东稍间，封闭成“东暖阁”用于居住，而西侧的四间则贯通成为适宜祭祀和家宴的“口袋房”式的空间布局，三面设炕，与门相对的后檐设锅灶，作杀牲煮肉之用。而四大配宫则均在正中的明间开门，室内两侧的次间、稍间打通空间，形成了两个“卐”字形炕面，加上暖阁内的一铺炕，共计七铺炕。
嫔妃宫中的吊式摇篮和儿童玩具
宫内煮肉的锅与灶台
清宁宫屋后烧炕用的烟囱
但与此同时，也大量引进了内地皇宫建筑的设计理念，除屋项覆盖黄琉璃瓦镶绿剪边外，依据尊卑地位，房屋的举架、面阔、进深也都有所区别——东西次宫的规模次于清宁宫、而次东宫、次西宫又小于东西二宫。清宁宫以北东西两侧的小配宫，则仅为三开间的硬山式建筑。
清朝进关后，也将明故宫里的坤宁宫按照盛京清宁宫的样式进行了大规模改建，将原来的明间开门改为东次间开门，原来的槅扇门改为双扇板门，其余各间的棂花槅扇窗均改为吊搭式直棂窗。室内东侧两间隔出为暖阁，作为皇帝大婚时的洞房；门的西侧四间设南、北、西三面炕，作为祭神的场所；后檐设锅灶，作杀牲煮肉之用。其基本布局，至今如是。
北京故宫之坤宁宫
崇德八年（1643年），皇太极猝然去世，未能实现亲自夺取全国政权的夙愿，但他已然全面完成了政治、军事、经济方面的准备，清军入关已成必然之势。
清朝迁都北京后，沈阳故宫作为 “开国圣迹”受到特殊的保护。前后150年间，康熙、乾隆、嘉庆、道光四位皇帝先后十次东巡，都曾驻跸于此。尤其是乾隆时期，为尊崇祖先，强调陪都的地位，满足帝后“东巡”的起居需求，曾多次对故宫加以重修和扩建，并从北京皇宫调来大量的国家重器和文翰珍宝，使之形成一座故宫与行宫并存的积累状宫苑建筑群体。
虽然乾隆年间改扩建的宫苑与清前期的宫苑在空间上融为一体，但其建筑和装饰风格却与关内同期的宫苑建筑基本一致，而与沈阳故宫的早期建筑迥然有别。
在中轴线的后部，左右两翼对称分布着两组院落，按其方位分别称为“东所”和“西所”，这里就是乾隆年间所建供东巡期间帝后起居的驻跸之所。东所是皇太后起居的行宫，前后共三进院落。头进院为“阿哥所”，应是随驾东巡的少年皇子所居之处。进垂花琉璃宫门是二进院，这里的颐和殿是皇太后接受朝贺之处。三进院中，正面即是皇太后居住的寝宫介祉宫，宫后另有小院栽种花木供太后休息观赏。
东所头进院的琉璃顶垂花门
二进院的颐和殿
三进院里的介祉宫
与东所相对应的“西所”，是东巡盛京时皇帝和后妃的行宫。第一进院两侧各有值房三间。第二进院中的迪光殿是皇帝东巡驻跸期间处理政务、批阅奏章的地方。皇帝居住的寝宫位于迪光殿后，名为保极宫。宫前两侧有抄手游廊直通迪光殿后檐廊下，即使是下雨天也可便利往来。
如今，在中路崇政殿前东西两侧，各有一座样式相同的五间硬山顶二层楼房，东为飞龙阁，西为翔凤阁，与大清门、崇政殿共同构成一个完整的建筑布局单元。这两座楼阁虽然是崇政殿的左辅右弼，却并非清入关前所建。皇太极时期皇宫内确有飞龙、翔凤两座楼阁，但却应位于崇政殿后，而非殿前。现在二阁所在的位置，原本是两座样式各异的小型建筑。乾隆八年（1743年）清高宗弘历第一次东巡到此，传旨将旧构拆除，原地新建样式相同、东西对称的两座楼阁，并把飞龙、翔凤的名称移到新建的二阁上来。
飞龙阁
翔凤阁
飞龙阁上层存放清代历朝皇帝所用武备，下层则收藏着从北京皇宫运来的古代青铜器珍品。翔凤阁内贮存的是供皇帝东巡期间使用的御用器物、书画，以及供皇帝赏赐用的物品，基本上都是乾隆时期从北京宫中调运至此。
从乾隆年间起，还在内外朝之间的凤凰楼上存放一些重要的宫廷文物。其一是《实录》，乾隆八年（1743年），皇帝命将太祖至世宗五朝的满汉文国史《实录》各缮写一部，送往盛京凤凰楼上尊藏，直至乾隆四十三年（1778年）才移至崇谟阁。其二是历代皇帝的“圣容”和“行乐图”（画像）；其三是清初皇帝的玉玺，共有“大清受命之宝”等10颗。
位于大清门东侧的盛京太庙，原本是明朝的一座道教观宇三官庙，早在努尔哈赤迁都沈阳之前，三官庙就已是城中著名的庙宇了。而当年兴建沈阳宫苑时，皇帝不但没有拆掉它，而且还继续保留庙中的香火。到了乾隆皇帝第三次东巡盛京时，为了完备陪都的规制，传旨重修盛京天坛、地坛、堂子（皇帝按满族萨满教礼俗祭天之处）和盛京太庙。当时其他三处旧构尚存，惟太庙多年废置难以修复。于是乾隆按照“左祖右社”的规制，提出在三官庙的旧址重建太庙，同时把三官庙易地重建。由于太庙供奉的是皇帝祖先，尽管面积不大，却与一般宫殿不同。整个庙院像后宫一样建在高台之上，太庙门的位置比大清门还要突出，而且屋顶的琉璃瓦也一律使用黄色而不加饰绿剪边。
西路建筑
沈阳故宫的西路建筑包括戏台、嘉荫堂、文溯阁和仰熙斋等，完全是乾隆四十七年（1782建成的，是清朝皇帝“东巡”时读书、看戏和存放《四库全书》的场所。
嘉荫堂正前方庭中即为戏台。
戏台两侧各有游廊七楹，是皇帝赏戏时王公大臣设座之处
文溯阁是乾隆皇帝专为存放《四库全书》而在全国修建的七座藏书楼之一，
其中的北方四阁都修建在皇家宫苑之内（文渊阁-大内、文源阁-圆明园、文津阁-避暑山庄、文溯阁-盛京故宫）。